כלכלה:
האגודה הישראלית לכלכלה: כנס שנתי מתקיים במאי-יוני, קול קורא מתפרסם בינואר-פברואר. האגודה הישראלית להיסטוריה כלכלית קיימה מושבים בכנס זה בחלק מהשנים, ובשנים אחרות היו לעתים מושבים שאורגנו ללא קשר לאגודה הישראלית להיסטוריה כלכלית. פירוט המושבים בשנים קודמות. האגודה מוציאה לאור את הרבעון לכלכלה - כתב העת האקדמי היחיד בכלכלה בעברית.
היסטוריה:
החברה ההיסטורית הישראלית: ארגון הגג של ההיסטוריונים בישראל. כנס שנתי מתקיים ביוני, ופעילויות נוספות מתקיימות לכל אורך השנה. החברה מוציאה לאור את כתבי העת ציון והיסטוריה.
לפי תחומים:
מרכז זלמן שזר: לחקר תולדות העם היהודי. מקיים כנס שנתי, ופעילויות נוספות לכל אורך השנה. משתתף בהוצאה לאור של כתב העת זמנים.
הארגון הישראלי להיסטוריה ומשפט: הארגון פועל בשיתוף עם מכון ברג למשפט והיסטוריה באוניברסיטת תל אביב, ומקיים כנס באוקטובר. רוב חברי המכון הם חברים גם באגודה הישראלית להיסטוריה כלכלית. האגודה הישראלית להיסטוריה כלכלית מקיימת מדי פעם פעילויות משותפות עם הארגון או המכון.
האגודה הישראלית להיסטוריה ופילוסופיה של המדעים: אגודה זו עוסקת גם בהיסטוריה של המחשבה הכלכלית.
החברה הנומיסמטית לישראל: היסטוריה של מטבעות ונסיבותיהם.
הפורום להיסטוריה סביבתית: עוסק בנושאים כלכליים רבים, מזוית הפוכה לעתים. אחד מראשי הפורום הוא חבר באגודה להיסטוריה כלכלית. כנס שנתי באוקטובר.
הקתדרה ללימודי תולדות הקרן הקימת לישראל ומפעליה באוניברסיטת בר-אילן: בראשות חבר האגודה יוסי כץ. מקיימת כנס שנתי, ובו נדונים, בין השאר, היבטים כלכליים של ההתיישבות היהודית בארץ ישראל.
העמותה להיסטוריה צבאית
לפי תקופות:
האגודה לקידום הלימודים הקלאסיים בישראל
האגודה הישראלית ללימודים ביזאנטיים
העמותה למורשת מלחמת העולם הראשונה בישראל